Niepewność bywa czasem gorsza niż brak uzbrojonej straży.

Niedługo potem na miejsce Komitetu Badawczego powołano Komitet Przygotowawczy. Bieg zdarzeń przyspieszyła jednakże dopiero decyzja o kapitulacji Japonii, gdy do Dżakarty pospiesznie wrócili pertraktujący z Japończykami Sukarno i Hatta. Ostatecznie proklamacja niepodległości, choć nie do końca uzgodniona z okupantami, odczytana została w połowie sierpnia 1945 r. Wspierana przez Japończyków niepodległość stała się faktem w chwili ich upadku, stąd też i ranga tego wydarzenia była ogromna. W pierwotnych zamierzeniach aliantów wyspy archipelagu okupować mieli Amerykanie. Ostatecznie jednak rola przyjmującego kapitulację przypadła Brytyjczykom. Trudności transportowe pozwoliły im wszakże pojawić się dopierow końcu września 1945 r. Do tego czasu republika mogła rozbudować swoje struktury. Przybywający kontyngent aliancki nie był zresztą zbyt liczny. Jego dowódca, gen. Christison, napotkawszy na wyspach nieźle funkcjonujący już rząd Sukarno, zażądał od niego współpracy. Precedens, choć nie uznany przez przybyłego wkrótce holenderskiego gubernatora H.J. van Mooka, przemawiał na korzyść nacjonalistów. W połowie listopada 1945 r. Sukarno zastąpił Sutan Sjahrir. Van Mook bowiem nie tylko nie uznawał istniejącego status quo, ale i nie chciał rozmawiać z „kolaborantami”. Manewry Indonezyjczyków były i tak bez znaczenia, ponieważ Holendrzy zamierzali powrócić do swej dawnej pozycji w całej rozciągłości. Podstawę „odnowy” stanowić miało memorandum królowej Wilhelminy z grudnia 1942 r. proponujące skolonizowanym koncesje zupełnie nie na czasie. W tych warunkach, na początku grudnia 1945 r. Sjahrir ogłosił, że podstawowym żądaniem jest uznanie przez Holandię niepodległości Indonezji. Na początku 1946 r. sytuacja na archipelagu była już mocno skomplikowana. Na Molukach, Borneo, Celebesie, Zachodniej Nowej Gwinei rządzili Holendrzy, a na najważniejszych wyspach – Jawie i Sumatrze – nacjonaliści. W innych warunkach republika nie potrafiłaby przeciwstawić się kolonialistom, kończąc swoją egzystencję. Powołujący ją do życia działacze byli elitą elit i jako tacy mieli ograniczony kontakt z masami. To, że niepodległa Indonezja przetrwała, zawdzięczać można nie tylko determinacji Indonezyjczyków, ale i wojennemu wyczerpaniu Holandii. W koncepcjach „ojców niepodległości” byt państwowy miał być owocem negocjacji z kolonialistami, skutkiem tzw. diplomasi. Krwawa walka była nie tylko niepotrzebna, ale i nierealna. Młoda republika przez długi czas nie posiadała bowiem armii w pełnym tego słowa znaczeniu, a i Holendrzy dysponowali siłami zupełnie nieadekwatnymi do obszaru i zaludnienia. Holenderskie propozycje oscylowały wokół powołania Stanów Zjednoczonych Indonezji, złożonych z różnych terytoriów wyspiarskich, o różnym stopniu samorządności (konferencja w Malino, lipiec 1946 r.). W ostateczności godzono się nawet na uznanie niepodległości republiki – tyle że tylko na Jawie i Madurze, i to w częściach kontrolowanych przez aliantów. Pertraktujący w Hadze Sjahrir nie mógł się na taki wariant zgodzić. Kryzys rozwiązała zawarta pod brytyjską presją w listopadzie 1946 r. ugoda w Linggadjati. Holandia uznawała w niej rząd republiki i jego władzę nad Sumatrą, Jawą i Madurą. Wraz z kontrolowanym przez Holendrów Borneo i tzw. Wielkim Wschodem (tj. mniejszymi wyspami) republika tworzyła Stany Zjednoczone Indonezji, wchodzące wraz z Holandią, Surinamem i Curaao z Ameryki Płd. w skład Unii Holendersko-Indonezyjskiej. Na razie Stany Zjednoczone Indonezji były tylko na papierze, jednakże Holendrzy rościli sobie wszelkie prawa do wysp archipelagu, do czasu wprowadzenia projektu w życie. W rezultacie doszło do tzw. pierwszej akcji policyjnej i opanowania przez Holendrów większości terytorium republiki, a zwłaszcza złóż naftowych. Na początku sierpnia 1947 r. pod naciskiem ONZ „akcję policyjną” wstrzymano, a do pośrednictwa włączyła się międzynarodowa Komisja Dobrych Usług (USA, Belgia, Australia). Kolejna ugoda, tzw. „Renville”, ze stycznia 1948 r. stanowiła zwycięstwo Holendrów, dając prawa różnym terytoriom wyspiarskim do plebiscytu w sprawie przynależności do republiki. Nie przetrwała ona zresztą długo. Dla ratowania egzystencji republiki nacjonaliści poświęcili komunistów, o sprzyjanie którym oskarżali ich kolonialiści. W grudniu 1948 r., po zerwaniu pertraktacji, doszło do „drugiej akcji policyjnej” – skrawki terytorium republiki zostały zaanektowane, a przywódcy państwa znaleźli się w więzieniu. Pod naciskiem nowo powstających państw interweniowała Rada Bezpieczeństwa ONZ. Przeciwko kolonialistom opowiedzieli się nawet wspierający ich dotąd Amerykanie. Holendrzy byli zmuszeni wstrzymać działania wojenne i zwolnili aresztowanych przywódców. Przywódca niepodległej Indonezji Ahmed Sukarno (1901–1970) już w młodości uchodził za człowieka wielce utalentowanego. Opanował dziesięć języków i zdobył wykształcenie politechniczne