Niepewność bywa czasem gorsza niż brak uzbrojonej straży.

A więc rzeczywiście geny te dziedziczyły się w sposób sprzężony. Jednak sprzężenie nie było całkowite, gdyż u około 1,5% potomstwa allele, które poprzednio znajdowały się w odrębnych chromosomach X samicy, były teraz razem w jednym chromosomie X. Powstał więc nowy problem, jak wytłumaczyć powstawanie tych nielicznych rekombinantów. Można też wykonać krzyżówkę, którą zapisalibyśmy w następujący sposób: (zobacz str.371). W tym wypadku samica jest również heterozygotyczna w stosunku do tych samych genów barwy oczu i ciała, ale układ alleli tych genów w obu chromosomach X samicy jest inny (samica taka powstała ze skrzyżowania pojedynczych mutantów typu Wy i wY). W tej krzyżówce wynik był analogiczny, choć przeciwstawny. Spośród potomstwa 98,5% osobników stanowiły pojedyncze mutanty o oczach białych i szarej barwie ciała lub o oczach czerwonych i żółtym ciele. Pozostałe zaś 1,5% osobników wykazywało zrekombinowany układ alleli w chromosomach X, czyli miały bądź szare ciało i czerwone oczy, bądź białe oczy i żółte ciało. W obu tych krzyżówkach występuje sprzężone dziedziczenie badanych genów i 98,5% osobników wykazuje rodzicielski układ alleli, jedynie zaś 1,5% to rekombinanty o zmienionym układzie alleli. Dalsze badania Morgana i licznych jego współpracowników ujawniły podobne zjawisko częściowego sprzężenia odnoszące się do innych genów, które dziedziczą się zależnie od płci. Również geny dziedziczące się niezależnie od płci, a więc mieszczące się w pozostałych autosomach Drosophila, wykazywały dziedziczenie sprzężone. Poza tym dla innych par genów stwierdzono dziedziczenie niezależne, zgodne z doświadczeniami Mendla. Dla pełnego ugruntowania hipotezy o występowaniu genów w chromosomach należało przede wszystkim wyjaśnić, skąd się biorą rekombinanty w sprzężonym dziedziczeniu genów. 5.3.3. Crossing-over Sprzężony sposób dziedziczenia się genów jest wynikiem oddzielania się od siebie całych chromosomów homologicznych w mejozie i rozdzielania ich następnie do gamet. Obserwowane u Drosophila występowanie 15% rekombinantów w doświadczeniach nad genami W i Y Morgan tłumaczył zjawiskiem wzajemnej wymiany odcinków chromosomów, która zachodzi przed ich rozdziałem w profazie pierwszego podziału mejotycznego. W wyniku takiej wzajemnej wymiany odcinków między dwoma homologicznymi chromosomami, którą Morgan nazwał crossing-over, powstają gamety o zrekombinowanych allelach. Przy omawianiu crossing-over warto od razu podkreślić, że w profazie mejozy koniugujące chromosomy są już podwojone i składają się z dwóch chromatyd. Zatem wymiana odcinków, czyli crossing-over, zachodzi między chromatydami, a nie całymi chromosomami. Z badań nad częstością występowania crossing-over między różnymi parami genów sprzężonych ustalono szereg dalszych istotnych faktów. Przede wszystkim dla dwóch określonych genów częstość powstawania rekombinantów (wyrażona w procentach) jest w przybliżeniu stała i na przykład dla genów W i Y wynosi około 1,5%. Wartość ta jest stała bez względu na to, jakie allele występują w dwóch homologicznych chromosomach heterozygoty, to znaczy czy heterozygota była typu WY(licznik)wy(mianownik) czy też typu Wy(licznik)wY(mianownik). Dla innych par genów leżących bądź w chromosomie X, bądź w którymkolwiek z trzech różnych autosomów Dosophila stwierdzono również dziedziczenie sprzężone, przy czym dla różnych par genów procent wytwarzanych rekombinantów był różny - od ułamka procenta do 30-40%. Tak więc różne pary badanych genów wykazują bardzo różny stopień sprzężenia - od prawie całkowitego do bardzo luźnego, gdy liczba rekombinantów zbliża się do 50%. Oczywiście jeśli w krzyżówce wstecznej procent rekombinantów wynosi 50%, to znaczy że wszystkie możliwe kombinacje alleli występują w gametach po 25% i wobec tego dziedziczenie dwóch genów jest nie sprzężone, a więc niezależne. Z licznych badań nad sprzężeniem genów wynikają bardzo istotne wnioski dotyczące lokalizacji genów w chromosomach. Powstawanie rekombinantów jest wynikiem pękania chromatyd w homologicznych chromosomach i wzajemnej wymiany odcinków między nimi w profazie pierwszego podziału mejotycznego,czyli crossing-over. Czy crossing-over może zajść w dowolnym miejscu koniugujących chromosomów? Oczywiście im bliżej siebie leżą geny w chromosomie, tym mniejsze jest prawdopodobieństwo, że crossing-over zajdzie na odcinku pomiędzy nimi. Wobec tego im bliżej siebie są położone geny, tym wyższy stopień sprzężenia będzie wykazywał ich dziedziczenie, czyli będzie mniejszy procent rekombinantów. Odwrotnie, im dalej od siebie są położone geny w chmmosomie, tym częściej będzie zachodził crossing-over między nimi i wobec tego dziedziczenie ich będzie wykazywało słaby stopień sprzężenia przejawiający się wysoką częstością powstawania rekombinantów. Ponieważ dla dwóch genów częstość występowania rekombinacji jest stała, a różna jest dla różnych par genów, Morgan doszedł do wniosku, że geny są położone wzdłuż chromosomów, i że każdy gen ma stałe miejsce w chromosomie, które obecnie nazywamy locus (liczba mnoga loci) genu